利率期货交割一般有实物交割和现金交割两种方式。实物交割是指期货合约的买卖双方于合约到期时，根据交易所制订的规程，通过转移期货合约标的物的所有权，将到期未平仓合约进行了结的行为。现金交割是指到期未平仓期货合约进行交割时，用结算价格来计算未平仓合约的盈亏，以现金支付的方式最终了结期货合约的交割方式。
一、实物交割
实物交割是指期货合约的买卖双方于合约到期时，根据交易所制订的规程，通过转移期货合约标的物的所有权，将到期未平仓合约进行了结的行为。
实物交割也是利率期货中国债期货交易一般采用的方式。由于国债期货的标的是名义债券，实际上并没有完全相同的债券，因此在实物交割中采用指定一篮子近似的国债来交割的方式，符合条件的交割券通过转换因子，进行发票金额计算，并由卖方选择最便宜可交割债，通过有关债券托管结算系统进行。由于这种交割制度在实践中操作便捷，在一定程度上不仅推动了国债期货交易的发展，也提高了现货市场的流动性。
由于期货交易不是以现货买卖为目的，而是以买卖合约赚取差价来达到保值的目的，因此，实际上在期货交易中真正进行实物交割的合约并不多。交割过多，表明市场流动性差；交割过少，表明市场投机性强。在成熟的国际商品期货市场上，交割率一般不超过5%。不过国债期货采用实物交割的最大问题在于可交割国债数量。对机构投资者来说，不论是平日持有的国债头寸，或是通过现货交易系统所取得的国债头寸，可交割国债数量充足与否应不会成为问题。不过，市场一旦出现多头囤积国债逼空的情况，便会出现麻烦。在国外的市场上也曾出现过类似的问题，这需要交易所事先制订合理的交易和交割制度。
二、现金交割
现金交割是指到期未平仓期货合约进行交割时，用结算价格来计算未平仓合约的盈亏，以现金支付的方式最终了结期货合约的交割方式。
这种交割方式主要用于金融期货中期货标的物无法进行实物交割的期货合约，在利率期货中主要用于短期利率期货的交割。例如，短期利率期货合约的价格是按照按市场的价格指数来计算。具体的计算方法是l减去贴现率（一般是现货市场的报价）再乘以100，即报价指数=（1-贴现率）×100，一张91天到期交割的短期国债的实际价格应为：100-（100-报价指数）×90/360（单位：万美元）。例如，如果贴现率为7%，期货合约的价格指数就为93，到期日的实际价格就是100-（100-93）×90/360=98.25（万美元）。
国外一些交易所也探索将现金交割的方式用于国债期货，不过采用现金交割方式的国家暂时只有澳大利亚、韩国和马来西亚等，而且合约交易量并不多。
现金交割制度的主要成功条件在于现货指导价格的客观性，因为期货合约最后结算损益时是按照现货指导价格计算，交易者有可能利用操纵现货价格以达到影响现金结算价格的目的，因此如何设计最后结算价的采样及计算非常重要