豆一和豆二合约的区别：交割标准不同；标准不同；可交割品范围不同；合约定价和交割包装方式不同。2002年3月，由于国家转基因管理条例的颁布实施，进口大豆暂无法参与交割，为此大商所对大豆合约进行拆分：黄大豆1号合约以食用品质非转基因大豆为标的物；黄大豆2号合约以榨油品质转基因、非转基因大豆为标的物。
近年来，随着我国榨油业发展迅速，榨油用大豆已成为我国大豆市场的主流品种，其生产、流通和加工都具有相当规模，形成了完整的产业链条。
1、交割标准不同。豆一合约的交割标准是非转基因大豆，豆二则包含全球各地的大豆，包括转基因和非转基因的。
2、标准不同。黄大豆1号合约采用的是以现行大豆国家标准为蓝本、以纯粮率为核心定等指标的食用大豆指标体系；黄大豆2号合约采用的是以油脂用大豆国家标准为蓝本、以粗脂肪含量为核心定等指标的榨油用大豆指标体系。
3、可交割品范围不同。黄大豆1号合约只允许非转基因大豆参与交割；黄大豆2号期货合约允许转基因大豆和非转基因大豆参与交割。
4、合约定价和交割包装方式不同。在合约定价上，黄大豆1号合约价格将包装物计算在内，因此黄大豆2号合约采用散装和袋装并行的方式，兼顾进口与国产大豆流通的不同包装方式，而黄大豆1号合约则只采用袋装的包装方式，与国产大豆现货流通的袋装方式相吻合。